יהושע  בן נון מקים בשילה את המשכן, היא הופכת למרכז הרוחני של עם ישראל: “וַיִּקָּהֲלוּ כָּל-עֲדַת בְּנֵי-יִשְׂרָאֵל, שִׁלֹה, וַיַּשְׁכִּינוּ שָׁם, אֶת-אֹהֶל מוֹעֵד; וְהָאָרֶץ נִכְבְּשָׁה, לִפְנֵיהֶם.”  (יהושע י"ח, א)

אלקנה ומשפחתו, היו עולים מדי שנה לשילה לזבוח ולהשתחוות בפני ה'. בשילה חנה מתפללת לבן ונודרת שתביא אותו לשרת במשכן. תפילתה נענית ונולד לה בן, לימים שמואל הנביא. בנוסף, מסופר על חג מסורתי שהתקיים בט"ו באב מדי שנה בשילה ואליו הוזמנו בני שבט בנימין כדי לקחת להם נשים מבנות שילה אשר חוללו בכרמים. האירוע מסמל את איחוי הקרע שהיה בין בנימין לשאר השבטים, ואחדות העם.

בעיר נבנים מבני מגורים, מחוץ לחומות העיר של תקופת הברונזה, וכן ממגורות תבואה. בבתי התקופה התגלו קנקני שפת צווארון רבים וכן מגוון עשיר של כלים נוספים כגון קערות, קדרות, סירי בישול ופכים. כמו כן התגלו בהם הרבה אבני רחיים לטחינת קמח. חרצני גפן וצימוקים שהתגלו במבנים מעידים על התבססות האוכלוסייה על ענף הגפן.

היישוב הישראלי חרב בשריפה עזה, ככל הנראה בידי הפלישתים שעלו לגב ההר לאחר ניצחונם בקרב אבן העזר. אולם שמואל הנביא ממשיך להנהיג את העם ומושח את שאול ולאחר מכן את דוד למלכי ישראל.