התקופה האויובית והממלוכית
כמה סופרים ביקרו באתר במהלך התקופה, בהם ר' אשתורי הפרחי (1322) ועלי אל-הראווי (1173). הם הזכירו שני מונומנטים שנמצאים בשילה – מסגד השכינה (או כיפת השכינה) ואבן השולחן. מסגד השכינה מזוהה עם המבנה 'ג'אמע א-סתין' שנבנה כבר בתקופה האסלאמית הקדומה. מקומה של 'אבן השולחן' לא ידוע. אזור המגורים בתקופה זו מתמקד במדרון הדרומי של התל.
