במזרח התל ובצפונו התגלו עדויות להתיישבות בשילה בתקופה הפרסית שנמשכו כנראה ברצף מהתקופה האשורית, אולם אין תמונה ברורה על נסיבות סיום השלב הזה. כמו כן אין מקורות היסטוריים המתייחסים לזה.